#NEXUS BEGIN DATA; DIMENSIONS NTAX=39 NCHAR=564; FORMAT MISSING=N GAP=- DATATYPE=DNA; [ From the COI mitochondrial gene. ] [this doc renamed from "ppJun17_OGdoc_COI.nex"] [THESE DATA COLLECTED BY LEE WEIGT, CURRENTLY AT THE NATIONAL MUSEUM OF NATURAL HISTORY, WASHINGTON, DC, USA. For further information, please also feel free to contact Andrew Crawford at this email address: andrew (at) dna.ac Below, the 4-letter codes refer to localities of the Tœngara frog, Physalaemus pustuolosus (Anura: Leptodactylidae). The final 7 sequences represent related species and outgroups. See related publication by Weigt et al. (2005) in the journal "Molecular Ecology." This message written 22 September 2005. ] MATRIX VERC CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGGTTCGGAATTATTTCCCACATTGTTACATACTACTCAAGTAAAAAGGAGCCTTTTGGTTATATAGGAATAGTTTGAGCTATAATATCTATTGGCCTCCTCGGCTTTATCGTCTGAGCCCACCATATATTTACAACTGACCTAAACGTTGATACACGAGCCTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATTGCAATTCCAACCGGTGTAAAGGTCTTTAGCTGATTGGCAACCATACATGGGGGAATTATTAAGTGACATGCCGCTATGTTATGAGCCTTAGGTTTTATTTTCTTATTTACTGTGGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCTAACTCGTCTTTAGATATTGTATTACATGACACCTATTATGTAGTGGCTCATTTTCATTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCAGGATTCGTACACTGATTTCCCTTATTTACAGGCTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTCGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTCCCT TEHU 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CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCCCATATTGTTACATACTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATAGGCATAGTTTGAGCTATAATATCAATTGGCCTACTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGATCTGAACGTAGACACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATCATCGCAATTCCAACCGGCGTAAAAGTCTTTAGTTGATTAGCAACTATACATGGGGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTAGGGGGACTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCTCTAGACATTGTATTACATGATACATATTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTTTGTCTATAGGGGCTGTATTTGCTATTATGGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCCCTATTTACAGGTTACTCTCTTCACGAGACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTTCCT GBRG 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CACCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCCCATATTGTTACATACTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATAGGCATAGTTTGAGCTATAATATCAATTGGCCTGCTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGATCTGAACGTAGACACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATCATCGCAATTCCAACCGGCGTAAAAGTCTTTAGTTGATTAGCAACTATACATGGGGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTAGGGGGACTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCTCTAGACATTGTATTACATGATACATATTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTTTGTCTATAGGGGCTGTATTTGCTATTATGGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCACTATTTACAGGTTACTCTCTTCACGAGACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTTCCT COCO 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CATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCTCACATTGTCACATATTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATGGGGATGGTTTGAGCTATAATGTCAATTGGTCTGCTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGACCTGAACGTAGATACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATCGCAATTCCAACTGGTGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGCAACTATACATGGAGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATACTGTGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTGGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCTCTAGATATTGTATTACATGATACGTATTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTCTATCTATGGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCGGGATTTGTTCATTGATTCCCCCTATTTACAGGTTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTCCCT TRIN CATCCAGAAGTTTATATTTTAATTCTCCCAGGATTTGGAATTATCTCTCACATTGTCACATATTACTCAAGTAAAAAGGAACCTTTTGGTTATATGGGGATGGTTTGAGCTATAATGTCAATTGGTCTGCTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCATATGTTTACAACTGACCTGAACGTAGATACACGAGCTTATTTTACTTCTGCAACAATAATTATCGCAATTCCAACTGGTGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGCAACTATACATGGAGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATACTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACTGTAGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTCGCTAATTCATCTCTAGATATTGTATTACATGATACATACTATGTTGTAGCCCACTTTCATTATGTTCTATCTATGGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCGGGATTTGTTCATTGATTCCCCCTATTTACAGGTTATTCTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCATTTTGGTGTAATATTTGCAGGTGTAAACCTAACATTCTTCCCT petersi CATCCAGAAGTATACATCTTAATTCTCCCTGGCTTTGGTATTATTTCCCATGTTGTCACTTATTATTCAAGCAAAAAAGAACCTTTTGGCTATATAGGTATAGTATGAGCAATAATATCAATTGGATTACTTGGTTTTATTGTATGAGCACATCATATATTTACTACAGATTTAAATGTAGATACACGAGCCTATTTTACTTCAGCAACAATAATTATTGCTATTCCAACTGGTGTTAAAGTTTTTAGCTGATTAGCTACTATACACGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCTATACTATGAGCCCTAGGATTCATTTTCTTGTTTACAGTGGGCGGATTAACAGGTATTGTTCTTGCTAATTCTTCACTGGATATTGTTCTTCATGATACTTATTATGTTGTAGCTCATTTTCACTACGTGTTATCAATAGGAGCCGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCTTTATTTACTGGTTATACCCTTCATGAAACTTGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGCAGGAGTAAATCTTACATTTTTTCCT freibergi CACCCAGAAGTATATATTTTAATTCTCCCCGGCTTCGGTATTATTTCCCATGTTGTCACTTATTACTCAAGTAAAAAAGAACCTTTTGGTTATATAGGAATGGTTTGAGCAATAATATCTATCGGGTTATTGGGTTTCATTGTATGAGCCCATCACATATTTACCACAGACTTAAATGTAGATACACGAGCCTATTTTACTTCAGCAACAATAATTATTGCTTTCCCAACCGGTGTAAAAGTTTTTAGCTGATTAGCTACTATACATGGGGGAATTATTAAGTGACACGCCGCCATACTTTGAGCCTTAGGATTTATTTTCTTGTTTACAGTAGGCGGACTAACAGGTATTGTTCTTGCTAACTCCTCTCTTGATATTGTACTTCATGATACTTATTACGTTGTAGCTCATTTTCACTACGTACTATCAATAGGAGCCGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTGTTCATTGATTTCCTTTATTTTCTGGTTATACCCTTCATGAAACTTGAACAAAAATTCACTTTGGGGTGATGTTCGCAGGGGTAAATCTTACATTTTTTCCT [these 7 sequences below I copied from Lee Weigts file called "OG.doc" which he emailed me on 22 june 2004, but from that OG.doc I deleted redundant sequences "PET-E" and "PETP.NEW" which were same as P. petersi and P. freibergi, respectively.] coloradorum [COLR] CATCCAGAAGTTTATATCCTTATTCTCCCCGGTTTTGGTATTATCTCCCACATTGTAACATATTACTCAAGTAAAAAAGAACCTTTCGGATATATGGGAATAGTATGAGCAATAATATCTATCGGCTTACTTGGTTTTATTGTCTGAGCACACCATATGTTTACAACAGACCTAAATGTAGACACACGAGCCTATTTTACCTCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCCACAGGTGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTATGAGCTCTCGGATTTATTTTTCTATTTACAGTAGGCGGACTGACGGGCATTGTTCTTGCCAATTCTTCTCTAGATATTGTTCTTCATGACACCTATTATGTGGTAGCTCACTTTCACTATGTCTTATCAATAGGGGCTGTATTTGCTATTATAGCGGGCTTTGTTCACTGATTCCCCTTATTTACCGGATATACTCTTCATGAAACTTGAACTAAAATTCACTTTGGAGTAATATTTTCAGGGGTAAACCTCACCTTTTTCCCT sp_C [NSP] CACCCAGAAGTCTATATTCTTATCTTACCCGGTTTCGGCATTATTTCCCATATCGTAACTTATTATTCCAACAAAAAAGAACCTTTTGGATATATGGGCATGGTTTGAGCAATGATGTCTATTGGCCTTCTAGGCTTTATTGTTTGAGCACATCACATGTTCACAACAGACCTAAACGTGGATACACGAGCTTATTTCACCTCCGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACTGGTGTTAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCACGGAGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATATTATGAGCTCTAGGATTTATTTTTCTATTTACTGTTGGAGGACTCACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCCTCTCTAGATATTGTCCTTCATGACACCTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCTATTATAGCCGGTTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACCGGATATACACTTCATGAAACCTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTTATGTTCTCTGGAGTTAATCTTACTTTCTTCCCT sp_B_cf_caicai [PSA_P] CACCCAGAAGTCTATATTCTTATTTTACCCGGCTTCGGCATTATCTCTCATATTGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCTTTTGGCTACATGGGTATGGTCTGAGCAATAATATCTATTGGTCTTTTAGGCTTCATTGTTTGAGCACATCATATATTTACAACGGACCTTAACGTGGATACACGAGCCTACTTCACCTCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCTACCGGTGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGCCACTATACATGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTGTGAGCTTTAGGATTTATTTTTCTATTTACTGTGGGAGGACTCACAGGCATCGTTCTCGCCAACTCCTCCCTTGACATTGTTCTTCATGACACCTATTACGTAGTAGCTCACTTTCACTATGTTTTATCCATGGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCTGGCTTTATTCACTGATTTCCACTATTTACTGGATATACACTTCATGAAACCTGAACAAAAATTCACTTTGGTATTATATTTTCAGGAGTTAATCTCACTTTCTTCCCC ephippifer [EPPH] CACCCTGAAGTTTATATCCTTATTCTTCCAGGTTTTGGCATTATTTCTCATATCGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCATTCGGATATATGGGTATAGTGTGAGCTATAATATCTATTGGTTTATTAGGATTTATTGTATGAGCGCATCATATATTCACAACTGATTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGGGTTAAAGTCTTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGAGGAATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGAGCTTTAGGATTTATTTTCCTCTTTACAGTTGGTGGGTTAACAGGAATTGTTCTAGCTAATTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTCTTTGCAATTATAGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTTTATTTACTGGGTATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGAGTAATATTTGCTGGTGTCAATCTCACCTTCTTCCCA sp_A_Roriama [RORM] CACCCTGAAGTTTATATTCTAATTCTTCCAGGTTTTGGCATTATTTCTCATATTGTAACCTATTATTCAAGTAAAAAAGAACCATTTGGATATATGGGAATAGTGTGAGCTATAATGTCAATTGGCTTATTAGGCTTTATTGTATGAGCCCATCATATATTTACAACTGACTTAAATGTAGATACACGTGCCTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCCATTCCAACTGGAGTCAAAGTCTTTAGCTGATTAGCTACTATGCACGGAGGTATTATTAAATGACATGCCGCTATATTATGGGCTTTAGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGTGGATTAACAGGAATTGTTTTAGCTAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGACACTTATTATGTAGTAGCACATTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCTATTATGGCAGGCTTTGTACACTGATTTCCTCTATTTACTGGATATACACTCCACGAAACTTGAACAAAGATTCACTTTGGTGTAATATTTGCTGGTGTTAACCTTACTTTCTTCCCA enesefae [NSFI] CATCCTGAAGTTTACATCCTTATTCTACCAGGCTTCGGCATTATCTCTCACATTGTCACTTATTATTCAAGTAAAAAGGAACCGTTTGGCTACATGGGAATAGTTTGAGCCATAATATCAATTGGCTTATTAGGTTTTATCGTTTGAGCTCATCATATATTTACAACTGACTTAAACGTAGATACCCGAGCTTATTTTACATCAGCAACAATAATTATTGCAATCCCAACCGGAGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCTACAATGCATGGAGGTATTATTAAATGACATGCAGCTATGTTATGGGCTTTGGGGTTTATTTTCCTTTTTACAGTTGGAGGATTAACAGGAATTGTTCTAGCCAACTCATCTCTTGATATTGTTCTTCATGATACTTATTACGTAGTAGCCCACTTCCATTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTTTTTGCAATTATAGCAGGTTTTGTGCACTGATTCCCTCTTTTTACTGGTTATACTCTTCACGAAACTTGAACAAAAATTCACTTTGGAGCAATATTTGCTGGTGTAAATTTAACATTTTTCCCT pustulatus_Ecuador [PSAE] CACCCAGAAGTTTACATTCTCATTCTCCCGGGATTTGGTATTATTTCTCACATTGTAACATATTATTCAAGCAAAAAAGAACCTTTTGGTTACATAGGAATAGTTTGAGCAATAATATCTATTGGTTTACTTGGTTTTATCGTTTGAGCACACCATATGTTTACAACAGACCTAAATGTAGATACACGAGCTTATTTCACCTCAGCAACAATAATTATTGCTATCCCCACGGGCGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCTACTATGCATGGGGGAATTATTAAATGACACGCCGCAATACTATGAGCTTTGGGGTTCATCTTTTTATTTACAGTGGGGGGATTAACAGGCATTGTTCTTGCCAACTCTTCCCTAGATATTGTTCTTCATGACACTTACTATGTAGTAGCTCATTTTCACTATGTTTTATCCATGGGGGCTGTATTTGCCATTATAGCAGGCTTTATCCATTGATTCCCTTTATTTACTGGATATACTCTTCATGAGACGTGAACAAAAATCCACTTCGGAGTAATATTTTTTGGAGTAAATCTCACCTTCTTCCCT ; END; [ begin paup; usertype trstrv4 stepmatrix = 4 ACGT 0 4 1 4 4 0 4 1 1 4 0 4 4 1 4 0 ; usertype trstrv2 stepmatrix = 4 ACGT 0 2 1 2 2 0 2 1 1 2 0 2 2 1 2 0 ; usertype TRVONLY stepmatrix = 4 ACGT 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 ; charset 1stpos = 1-562\3; charset 2ndpos = 2-563\3; charset 3rdpos = 3-564\3; wtset wt291 = 2:1stpos, 9:2ndpos, 1:3rdpos; wtset 3rd5 = 5:3rdpos; END; ] [+++ BEGIN PAUP; log file=tung_fML_HKY.log ; Set 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